ในส่วนของสำนักงานสาธารณสุขจังหวัดเป็นหน่วยงานที่ขึ้นตรงต่อผู้ว่าราชการจังหวัด มีนายแพทย์สาธารณสุขจังหวัดเป็น เป็นผู้บังคับบัญชาดูแลรับผิดชอบ สำนักงานสาธารณสุขจังหวัด ได้รับการนิเทศงาน กำกับดูแลและสนับสนุนทรัพยากรจากสำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข(ผ่านทางสำนักตรวจราชการกระทรวง) และกรมวิชาการต่าง ๆ มีอำนาจหน้าที่เกี่ยวกับการจัดทำแผนยุทธศาสตร์ด้านสุขภาพของจังหวัด การกำกับ ดูแล ประเมินผล และสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงาน สาธารณสุขในจังหวัด และปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงาน
ของหน่วยงานที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย นอกจากนี้ ยังมีโรงพยาบาลระดับจังหวัด คือ โรงพยาบาลทั่วไป (365 เตียง) รวมทั้งโรงพยาบาลระดับอำเภอ อีก 7 แห่ง คือ โรงพยาบาลชุมชน (30 – 60 เตียง) ทั้งหมดขึ้นตรงต่อนายแพทย์สาธารณสุขจังหวัด
โรงพยาบาลทั่วไป
แบ่งงานภายในออกเป็น 5 กลุ่มคือ กลุ่มภารกิจด้านอำนวยการ กลุ่มภารกิจด้านพัฒนาระบบบริการสุขภาพ กลุ่มภารกิจด้านการพยาบาล กลุ่มภารกิจด้านบริการตติยภูมิ และกลุ่มภารกิจด้านบริการปฐมภูมิและทุติยภูมิ
โรงพยาบาลชุมชน
แบ่งงานภายในออกเป็น 3 กลุ่มภารกิจ คือ กลุ่มภารกิจด้านอำนวยการ กลุ่มภารกิจด้านบริการ และกลุ่มภารกิจด้านการพยาบาล
สำนักงานสาธารณสุขอำเภอ
เป็นหน่วยงานที่ขึ้นตรงต่อนายอำเภอ มีสาธารณสุขอำเภอ เป็นหัวหน้ามีหน้าที่
ทางด้านบริหาร ส่งเสริม สนับสนุน ควบคุมกำกับ ติดตามและประเมินผลการปฏิบัติงานของ
สถานีอนามัย สำนักงานสาธารณสุขอำเภอได้รับการนิเทศงาน และประสานงานจากสำนักงานสาธารณสุขจังหวัด ซึ่งจะเป็นผู้สนับสนุนทางวิชาการและบริหาร มีอำนาจหน้าที่เกี่ยวกับการจัดทำแผนยุทธศาสตร์ด้านสุขภาพของอำเภอ การกำกับ ดูแล ประเมินผล และสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานสาธารณสุขในอำเภอ และปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานที่เกี่ยวข้องหรือได้รับมอบหมาย
สถานีอนามัย
เป็นหน่วยบริการสาธารณสุขระดับตำบล หรือระดับหมู่บ้าน มีหน้าที่ในการจัดบริการ
สาธารณสุขผสมผสานแก่ประชาชนในชนบท ในเขตพื้นที่รับผิดชอบ โดยครอบคลุมประชากรประมาณ 1,000 – 5,000 คน มีเจ้าหน้าที่ปฏิบัติงานประจำ คือ เจ้าพนักงานสาธารณสุขชุมชน (พนักงานอนามัย ผดุงครรภ์และพยาบาลเทคนิค) ปัจจุบันเริ่มมีทันตาภิบาล พยาบาลวิชาชีพ และนักวิชาการสาธารณสุข บรรจุเข้าทำงานในระดับสถานีอนามัยด้วย
ทิศทางของสถานีอนามัยในอนาคตน่าจะปรับเป็นศูนย์สุขภาพชุมชน โดยเน้นการบริการใกล้บ้านใกล้ใจ อาจมีแพทย์ประจำหรือหมุนเวียนเพื่อบริการตรวจรักษาพยาบาลคนในชุมชนนั้นๆ
เมื่อมีการการปฏิรูปโครงสร้างใหม่มีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 3 ตุลาคม 2545 โครงสร้างสำนักงานสาธารณสุขจังหวัดได้ปรับปรุงภารกิจและโครงสร้างใหม่ มีการเปลี่ยนชื่อตำแหน่งใหม่ ดังนี้
1. รองนายแพทย์สาธารณสุขจังหวัดคนที่ 1 (รอง 1) เป็น
นายแพทย์ 9 ด้านเวชกรรมป้องกัน
2. รองนายแพทย์สาธารณสุขจังหวัดคนที่ 2 (รอง 2) เป็น
นักวิชาการสาธารณสุข 9 ด้านส่งเสริมพัฒนา
3. รองนายแพทย์สาธารณสุขจังหวัดคนที่ 3 (รอง 3) เป็น
เจ้าหน้าที่บริหารงานสาธารณสุข 8
4. กลุ่มงานต่างๆ เปลี่ยนเป็น
- หัวหน้าฝ่ายบริหารทั่วไป
- หัวหน้างานแผนงาน ประเมินผล
- หัวหน้างานระบาดวิทยา
- หัวหน้างานข้อมูลข่าวสาร
- หัวหน้างานควบคุมโรคติดต่อ
- หัวหน้างานแนะนำเผยแพร่
- หัวหน้างานประยุกต์ใช้เทคโนโลยี
- หัวหน้างานดำเนินการตามกฎหมาย
- หัวหน้างานประสานรัฐและท้องถิ่น
- หัวหน้างานพัฒนาบุคลากร
ต่อมา ได้มีการปรับเปลี่ยนภารกิจและโครงสร้างใหม่ ในวันที่ 5 ตุลาคม 2549 ดังนี้
1. กลุ่มอำนวยการ
- งานบริหารทั่วไป
- งานประกันสุขภาพ
2. กลุ่มพัฒนาการสาธารณสุข
- งานทันตสาธารณสุข
- งานควบคุมโรค (งานควบคุมโรคติดต่อ, งานควบคุมโรคไม่ติดต่อและการบาดเจ็บ)
- งานส่งเสริมสุขภาพและอนามัยสิ่งแวดล้อม
3. กลุ่มนโยบายและสนับสนุนบริการสุขภาพ
- งานคุ้มครองผู้บริโภค
- งานพัฒนายุทธศาสตร์ (งานพัฒนายุทธศาสตร์, งานข้อมูลข่าวสาร, งานระบาดวิทยา)
- งานพัฒนาบุคลากรและคุณภาพบริการ (งานพัฒนาบุคลากร, งานสารนิเทศ/สุขศึกษา,งานพัฒนาคุณภาพบริการ)
4. งานรักษาพยาบาล
5. งานศูนย์คอมพิวเตอร์
พฤศจิกายน พ.ศ.2551 มีการปรับเปลี่ยนภารกิจและโครงสร้างใหม่
1.กลุ่มงานบริหารทั่วไป
2.กลุ่มงานพัฒนายุทธศาสตร์สาธารณสุข
3.กลุ่มงานคุ้มครองผู้บริโภคและเภสัชสาธารณสุข
4.กลุ่มงานประกันสุขภาพ
5.กลุ่มงานควบคุมโรค
6.กลุ่มงานส่งเสริมสุขภาพ
7.กลุ่มงานทันตสาธารณสุข
8.กลุ่มงานพัฒนาทรัพยากรบุคคลคุณภาพและรูปแบบบริการ
24 พฤศจิกายน พ.ศ.2554 มีการปรับเปลี่ยนภารกิจและโครงสร้างใหม่ ดังนี้
1. กลุ่มงานบริหารทั่วไป
2.กลุ่มงานพัฒนายุทธศาสตร์สาธารณสุข
3.กลุ่มงานส่งเสริมสุขภาพ
4.กลุ่มงานควบคุมโรค
5.กลุ่มงานคุ้มครองผู้บริโภคและเภสัชสาธารณสุข
6.กลุ่มงานประกันสุขภาพ
7.กลุ่มงานพัฒนาคุณภาพและรูปแบบบริการ
8.กลุ่มงานทันตสาธารณสุข
9.กลุ่มงานนิติการ
10.กลุ่มงานทรัพยากรบุคคล
11.กลุ่มงานอาชีวเวชศาสตร์และเวชศาสตร์สิ่งแวดล้อม