แผนกยาสมุนไพร เป็นหน่วยงานที่จัดหาและเตรียมยาสมุนไพร ของฝ่ายการแพทย์แผนไทยประยุกต์ และ การแพทย์แผนจีน
ตัวยาสมุนไพรที่จัดหาเข้าคลังยาไว้ จะเป็นแบบสมุนไพรเดี่ยว และ ยาสมุนไพรสำเร็จรูป
นอกจากนี้ ยังเป็นหน่วยงานที่เตรียมยาต้มสำหรับผู้ป่วยแต่ละราย ตามสูตรตำรับที่แพทย์สั่งจ่าย