อำเภอควนขนุน เดิมเรียกว่า "อำเภออุดร" จัดตั้งเมื่อปี พ.ศ.2439 หรือ ร.ศ. 115 มีพระพลสงคราม
(โต ศิริธร : ต่อมาภายหลังเป็นพระยาศิริธรเทพสัมพันธ์ เจ้ากรมเสมียนตรา) เป็นนายอำเภอคนแรก มีการย้ายที่ตั้งจำนวน 4 ครั้ง ครั้งแรกเมื่อปี 2442 ย้ายที่ว่าการอำเภอไปตั้งที่บ้านมะกอกใต้ เรียกว่า "อำเภอมะกอกใต้"
ครั้งที่ 2 เมื่อปี 2450 ย้ายไปที่บ้านทะเลน้อย เรียก "อำเภอทะเลน้อย" ครั้งที่ 3 ไม่ปรากฏปี พ.ศ. ย้ายไปที่บ้านพนางตุง เรียก "อำเภอพนางตุง" ครั้งสุดท้ายเมื่อปี 2466 ย้ายกลับมาตั้งที่เดิม คือที่บ้านควนขนุน เรียกว่า
"อำเภอควนขนุน" มาจนถึงปัจจุบัน
