โรงพยาบาลบางจาก เริ่มก่อตั้งเมื่อปี พ.ศ.2509 โดยก่อตั้งเป็นศูนย์การแพทย์และอนามัยพระประแดงหรือสถานีอนามัยชั้น 1 ในพื้นที่ 4 ไร่ 1 งาน 58 ตารางวา และเปิดทำการเมื่อปี พ.ศ.2511
ในปี พ.ศ.2516 มีประกาศคณะปฏิวัติให้มีการก่อตั้งกองอาชีวอนามัยขึ้นอีก 1 กอง จึงได้มีการปรับปรุงอนามัยชั้น 1 นี้เป็นศูนย์อาชีวอนามัย และสถานีอนามัยชั้น 1 ยังไม่สามารถจัดหาสถานที่ก่อสร้างใหม่ได้ จึงใช้บ้านพักข้าราชการของศูนย์อาชีวอนามัยปฏิบัติงานไปก่อน
ในปี พ.ศ.2528 ได้รับงบประมาณก่อสร้างโรงพยาบาลพระประแดง ที่หมู่ 8 ต.บางจาก ในที่ดินของคุณเพี้ยน เปี่ยม-สวัสดิ์ จำนวน 13 ไร่ สร้างเสร็จเมื่อเดือนกรกฎาคม พ.ศ.2529 และใช้ชื่อโรงพยาบาลชุมชนพระประแดง แต่ชื่อซ้ำกับโรงพยาบาลพระประแดงซึ่งรักษาโรคเรื้อน ดังนั้นจึงใช้ชื่อโรงพยาบาลบางจาก ซึ่งเป็นโรงพยาบาลขนาด 10 เตียง และเปิดใช้บริการให้กับผู้ป่วยปลายปี พ.ศ.2529
โดยในปี พ.ศ.2534 ได้ยกฐานะเป็นโรงพยาบาลขนาด 30 เตียง ซึ่งได้รับงบประมาณจากกระทรวงสาธารณสุขและเงินบริจาคสบทบใช้ในการก่อสร้าง และเปิดให้บริการแก่ผู้ป่วยเมื่อปลายปี พ.ศ.2536 เป็นต้นมา ปัจจุบันโรงพยาบาลบางจากมีขนาด ๖๐ เตียง
