โรงพยาบาลฐานทัพเรือสงขลา มีหน้าที่ให้การรักษาพยาบาลทหาร ข้าราชการกลาโหม ลูกจ้าง และครอบครัว พลเรือน ตลอดจนการสุขาภิบาล การเวชกรรมป้องกันภายในหน่วย และการส่งกำลังสายแพทย์ แก่หน่วยปฏิบัติการในพื้นที่
ประเด็นยุทธศาสตร์
๑. ด้านการพัฒนาองค์กร
มุ่งเน้นการพัฒนาทรัพยากรบุคคลของโรงพยาบาลให้มีจำนวนเพียงพอ มีขีดสมรรถนะและมีความสุข
ในการทำงาน มีการจัดความรู้อย่างต่อเนื่อง มีการใช้ระบบสารสนเทศและวิธีบริหารที่มุ่งเน้นเป้าหมาย
๒. ประสิทธิภาพของการปฏิบัติราชการ
ให้การรักษาพยาบาลที่ได้มาตรฐานทางการแพทย์ มุ่งเน้นการสร้างเสริมและป้องกันสุขภาพ ของกำลังพลอย่างได้ผลและคุ้มค่า
๓. ด้านคุณภาพการให้บริการ
ได้รับการรับรองคุณภาพมาตรฐานการเป็นโรงพยาบาลสร้างเสริมสุขภาพ ให้การรักษาพยาบาล ผู้ป่วยอย่างปลอดภัย และได้รับบริการอย่างสะดวกรวดเร็ว
๔. ด้านประสิทธิผล
มุ่งเน้นสนองความต้องการด้านสร้างเสริมและป้องกันสุขภาพของลูกค้าหลัก ๓ กลุ่ม คือ ผู้บังคับบัญชา ผู้รับบริการ และบุคลากรของโรงพยาบาล เพื่อให้เกิดความเชื่อมั่นและความพึงพอใจ ส่งผลให้กำลังพลมีสุขภาพที่ดี
รพ.ฐท.สข.ทรภ.๒
เป็นหน่วยขึ้นตรงฐานทัพเรือสงขลา ทัพเรือภาคที่ ๒ และ เป็นหน่วยบริการปฐมภูมิของกรมแพทย์ทหารเรือ ให้บริการตรวจโรคทั่วไปแบบผู้ป่วยนอก ส่งเสริมฟื้นฟูสุขภาพ และสามารถรับป่วยเป็นผู้ป่วยใน มีอัตราเตียง ๑๕ เตียง โดยมีเขตพื้นที่รับผิดชอบ ได้แก่ ภาคใต้ฝั่งตะวันออกทั้งหมด มีภารกิจในการให้บริการทางการแพทย์แก่ผู้ป่วย ทั้งข้าราชการ ครอบครัวทหารเรือ ลูกจ้าง ทหารกองประจำการ และพลเรือน
พื้นที่รับผิดชอบ
พื้นที่อ่าวไทยตอนล่างตั้งแต่ทางบก บริเวณจุดรอยต่อบ้านเหนาะ อำเภอละแม จังหวัดชุมพร สุราษฎร์ธานี นครศรีธรรมราช สงขลา ปัตตานี และนราธิวาส โดยครอบคลุมพื้นที่ตำบลเกาะเต่า อำเภอเกาะพะงัน จังหวัดสุราษฏร์ธานี