ลักษณะที่แตกต่างกันในหลายๆ จุด
จากการศึกษาในประเทศอังกฤษ จำนวน 197 ราย พบในผู้ชายทั้งหมด ที่เป็นชายรักชาย ลักษณะรอยโรคที่เกิดขึ้น กว่าครึ่งหนึ่งจะเกิดที่อวัยวะเพศ รอบก้น ทวารหนัก เยื่อบุช่องปาก แม้กระทั่งต่อมทอมซิล ซึ่งตรงข้ามกับโรคที่เกิดในแอฟริกา พบที่แขนขา ศีรษะ
ตุ่มที่เกิดขึ้นจะมีหลายระยะ กล่าวคือ สุกหรือแห้งไม่พร้อมกัน ซึ่งตรงข้ามกับในแอฟริกาที่จะพบตามแขนขา ศีรษะ และส่วนใหญ่จะเป็นระยะเดียวกันสุกพร้อมกัน ตามตำรา อาการไข้ เมื่อยเนื้อเมื่อยตัวพบน้อยกว่าในแอฟริกา ที่เกิดนอกแอฟริกาจะมีอาการเจ็บก้นอย่างมากจำนวนหนึ่ง และตุ่มแผลเกิดขึ้นในอวัยวะเพศเป็นจำนวนมากกว่าครึ่งหนึ่ง
กลไกเกิดโรคต่างกัน
จากข้อมูลแสดงให้เห็นว่ากลไกการเกิดโรคฝีดาษวานร น่าจะแตกต่างกัน
โดยทั่วไปในแอฟริกา น่าจะเกิดจากการได้รับเชื้อแล้วเชื้อเข้าสู่ระบบน้ำเหลือง เข้ากระแสโลหิต แล้วจึงมีอาการแสดงขึ้นเป็นตุ่มที่แขนขา ศีรษะ รอยโรคจึงเกิดขึ้นพร้อมกัน ลักษณะตุ่มหนองที่เกิดขึ้นในผู้ป่วยนอกแอฟริกา จึงมีหลายระยะ เช่น บางตุ่มสุก บางตุ่มพึ่งขึ้น หรือ บางตุ่มเริ่มแห้ง ซึ่งไม่เหมือนกับในแอฟริกา
แต่ที่เกิดนอกแอฟริกา โดยเฉพาะที่กำลังระบาดอยู่ทั่วโลกนี้ การรับเชื้อน่าจะสัมผัสบริเวณอวัยวะเพศ ที่อาจจะมีรอยถลอก abrasion และทำให้เกิด รอยโรค เป็นตุ่มขึ้น พร้อมกันนั้นที่สัมผัสโรคเชื้อก็จะเข้าสู่ระบบน้ำเหลืองและกระแสโลหิต แล้วจึงไปเกิดตุ่มที่อื่นอีกได้ด้วย การเกิดตุ่มบริเวณสัมผัส ทำให้เกิดรอยโรคขึ้นเช่นเดียวกันกับ การปลูกฝีสมัยก่อน ใช้เชื้อหนองฝีหยอดที่ต้นแขน แล้วสะกิดหรือควร ให้เกิดรอยถลอก ตุ่มแผลจึงเกิดขึ้นบริเวณที่ถลอก
โรคนี้เกี่ยวข้องกับเพศสัมพันธ์
สิ่งที่ช่วยยืนยันว่า โรคนี้เกี่ยวข้องกับเพศสัมพันธ์ เพราะผู้ป่วยฝีดาษวานร จะพบโรคทางเพศสัมพันธ์ร่วมด้วยเป็นจำนวนมากเช่น HIV หนองใน ซิฟิลิส chlamydia (หนองในเทียม) และ Herpes
กรณีที่มีอาการไข้ ปวดเมื่อยหรืออาการทางระบบน้อย และมีลักษณะเด่นทางแผลที่อวัยวะเพศ ทำให้ผู้ป่วยไม่อยากไปพบแพทย์ และโรคนี้ก็หายได้เอง จึงทำให้ยากต่อการควบคุม