ชุดตรวจ PCR ที่ใช้ตรวจไวรัสโคโรนา 2019 ได้ดี ยังสามารถตรวจจับสายพันธุ์ "โอไมครอน (B.1.1.529)" ได้หรือไม่
คำตอบคือยังใช้ตรวจจับได้….แต่ต้องระมัดระวัง
"ตระหนัก ตื่นรู้ได้ ดี แต่ไม่จำเป็นต้องตระหนก"
"We are on alert, but do not panic"
ชุดตรวจ "PCR" จะใช้ตัวตรวจตาม (PCR primer) เข้าตรวจจับจีโนมของไวรัสซึ่งเป็นสารพันธุกรรมประเภท "อาร์เอนเอ" โดยตรวจ 2-3 ตำแหน่งบนจีโนมไวรัสพร้อมกัน
ส่วนชุดตรวจ ATK เป็นการตรวจ "โปรตีนเปลือกนอก (antigen)" ของไวรัสทั้งตัว ล่าสุดยังไม่มีรายงานว่าตรวจจับสายพันธุ์ "โอไมครอน (B.1.1.529)" ไม่ได้
วันที่ 28 พฤศจิกายน 2564 นักวิทยาศาสตร์แอฟริกาได้ "อัปโหลด" รหัสพันธุกรรมทั้งจีโนม (whole genome sequence) ของไวรัสโคโรนา 2019 จำนวนกว่า 125 ตัวอย่างขึ้นบนฐานข้อมูลโควิดโลก "GISAID" เป็นที่เรียบร้อย (ภาพ 4) เพื่อให้นักวิจัยทั่วโลกได้นำไปศึกษาวิจัย เพื่อพัฒนาการตรวจวินิจฉัยทางห้องปฏิบัติการ พัฒนาวัคซีนเพื่อการป้องกัน และพัฒนายาต้านไวรัสเพื่อการรักษา
ชุดตรวจ PCR ที่ใช้ตรวจไวรัสโคโรนา 2019 ส่วนใหญ่จะตรวจจีโนมของไวรัส 2-3 ตำแหน่งหรือ 2-3 ยีนบนจีโนมพร้อมกัน ไม่ได้ตรวจเพียงตำแหน่งเดียว เผื่อหากตรวจพลาดไปบางตำแหน่ง ก็ยังมีตำแหน่งอื่นที่ยืนยันผลบวก หรือลบได้
"WHO" เองก็สนับสนุนให้ปรับวิกฤตให้เป็นโอกาส โดยให้สังเกตุผลลบที่ขาดหายไปบางตำแหน่ง เช่นบนยีน S ที่สร้างโปรตีนส่วนหนาม (S dropout หรือ S gene target failure) หากพบว่าขาดหายไปตรวจไม่พบ ให้สงสัยว่าอาจเป็นสายพันธุ์ "โอไมครอน" (ภาพ บน) จากนั้นให้ส่งตัวอย่างดังกล่าวไปถอดรหัสพันธุกรรมเพื่อยืนยันสายพันธุ์ต่อไป
ยีนของไวรัสโคโรนา 2019 ที่ชุดตรวจ PCR นิยมใช้เป็นเป้าหมายในการออกแบบตัวตรวจตาม (PCR primer) มีหลายยีน เช่น M,N,S,E,Orf1ab, RdRp, Orf8, และ Nsp2 (ภาพ บน)
ทางศูนย์จีโนมทางการแพทย์ รพ. รามาธิบดี ได้ดาวน์โหลดรหัสพันธุกรรมทั้งจีโนมของ "โอไมครอน" ทั้ง 125 ตัวอย่างมาทดสอบด้วยวิธีชีวสารสนเทศกับตัวตรวจตามของชุดตรวจ PCR ที่ทาง WHO ให้การรับรอง โดยอาศัยโปรแกรมที่ชื่อว่า
"Nextclade" (https://clades.nextstrain.org/) ปรากฏว่าจากการวิเคราะห์ผลบน"คอมพิวเตอร์" (ซึ่งต้องยืนยันผลกับตัวอย่างเชื้อไวรัสในห้องปฏิบัติการอีกครั้งหนึ่ง) พบว่าทั้ง 125 ตัวอย่างมีแนวโน้มว่าอาจเกิดปัญหากับชุดตรวจ PCR
"บางยี่ห้อ" ไม่ใช่ทุกยี่ห้อที่ WHO ให้รายชื่อไว้ คืออาจให้ผลบวกน้อยทั้งที่มีเชื้อจำนวนมาก หรือเกิดผลลบปลอม (false negative) ได้ในบางยีน โดยอาศัยการตรวจสอบรหัสพันธุกรรมของตัวตรวจตาม (PCR primer) กับส่วนจีโนมของสายพันธุ์โอไมครอนที่กลายพันธุ์ไปว่ายังตรวจจับกันได้หรือไม่ หรือตรวจจับไม่ได้เลยเนื่องจากไวรัสมีการกลายพันธุ์ไปมาก (ภาพ 2)
อย่างไรก็ตามชุดตรวจ PCR ส่วนใหญ่จะตรวจยีน 2-3 ยีนพร้อมกัน การตรวจไม่พบหรือการ "dropout" บางยีน อาจไม่ส่งผลกระทบมากนักเพราะจะมีผลบวกจากยีนตำแหน่งอื่นคอยยืนยัน
ดังนั้นศูนย์รับตรวจโควิด-PCR คงต้องระมัดระวังเลือกใช้ชุดตรวจ PCR ที่ผ่านการทดสอบว่าไม่มีปัญหาในการตรวจจับสายพันธุ์ "โอไมครอน"
วันที่ 28 พฤศจิกายน 2564 นักวิทยาศาสตร์แอฟริกาได้ "อัปโหลด" รหัสพันธุกรรมทั้งจีโนม (whole genome sequence) ของไวรัสโคโรนา 2019 จำนวนกว่า 125 ตัวอย่างขึ้นบนฐานข้อมูลโควิดโลก "
GISAID" เป็นที่เรียบร้อย
หลายคนอาจสงสัยว่า จีโนม, ยีน, ดีเอ็นเอ, อาร์เอ็นเอ คืออะไร และอยู่ตรงส่วนไหนของไวรัส
"จีโนม" จะประกอบด้วยสารพันธุกรรมดีเอ็นเอ หรืออาร์เอ็นเอ
เรียงสลับกันไปมาเป็นชุดคำสั่งทางพันธุกรรม พบในอนุภาคไวรัสหรือในเซลล์มนุษย์ จีโนมมนุษย์ประกอบด้วยโครโมโซม 22 คู่ + X และ Y ที่พบในนิวเคลียส แต่ละชุดประกอบด้วยลำดับดีเอ็นเอประมาณ 3.1 พันล้านเบส
ส่วนขนาดของจีโนมไวรัสโคโรนา 2019 จะมีขนาดสั้นกว่าจีโนมมนุษย์ "แสนเท่า" ประกอบด้วยอาร์เอ็นเอเรียงสลับกันไปมา 30,000 เบส คล้ายสายลูกปัด 4 สีเรียงสลับกัน 30,000 ลูก
"ดีเอนเอ" เป็นองค์ประกอบสำคัญของจีโนม คือกลุ่มของโมเลกุลที่มีหน้าที่ในการขนถ่ายและถ่ายทอดสารพันธุกรรมหรือคำสั่งทางพันธุกรรมจากพ่อแม่สู่ลูก เประกอบด้วยสารเคมี 4 ประเภท เรียงสลับกันไปมาคล้ายสายลูกปัด คือ อะดีนีน (A), ไทมีน (T), กวานีน (G) และไซโตซีน (C) โดยพันกันอยู่สองสาย (double helix)
"อาร์เอ็นเอ" มีโครงสร้างและคุณสมบัติคล้ายคลึงกับดีเอ็นเอ แต่มีเบสเรียงต่อกันเพียงสายเดียวและแทนที่จะเป็นเบสไทมีน (T) อาร์เอ็นเอ มีเบสที่เรียกว่ายูราซิล (U)
