ข้อมูลบริการสุขภาพของไทย

ข้อมูลรหัสพันธุกรรมประมาณ 30,000 bp ของไวรัสก่อโรคโควิด-19 กำลัง  ถูก submit เข้าไปอยู่ใน GISAID cloud server ซึ่งเป็นฐานข้อมูลรหัสพันธุกรรมของจุลชีพนานาชาติ เพื่อให้ผู้ที่สนใจสามารถดาว์โหลดข้อมูลรหัสพันธุกรรมมาวิจัยได้ หรือท่านที่สนใจ สามารถดาว์โหลดรหัสพันธุกรรม "fasta" ทั้ง 3 ต้วอย่างจาก http://bit.ly/1-351 แล้วลองลาก "fasta file" ดังกล่าวมาปล่อยในกล่อง  "Drag and drop fasta file" ตรงลิงค์นี้  https://pangolin.cog-uk.io/ แล้วคลิก "Start Analysis" เพื่อวิเคราะห์หาสายพันธุ์  (ภาพ2 ) 

 

ทางกลุ่ม ฯ ได้ส่งต่อข้อมูลทั้งหมดให้กับหน่วยงานของกระทรวงสาธารณสุขในระดับภูมิภาคและระดับชาติเพื่อสื่อสารกับประชาชนต่อไป ทั้งนี้ทางกลุ่มขอสื่อสารข้อมูลชุดนี้ให้ประชาคมวิทยาศาสตร์เพื่อร่วมกัน ติดตาม เผ้าระวัง และพัฒนาวิธีป้องกันรักษาโรค โดยมีรายละเอียดดังนี้
 

1. ตัวอย่างชุดนี้จัดเก็บโดยทางกระทรวงสาธารณสุข เมื่อวันที่ 13 พ.ค. 2564 ทางกลุ่ม ฯ ได้รับตัวอย่างเมื่อวันที่ 17 พ.ค. 2564 และคัดเลือกมาสามตัวอย่าง (รหัส BKKCOVID720, BKKCOVID721 และ BKKCOVID722) เพื่อถอดรหัสพันธุกรรมระดับจีโนม โดยตำแหน่งที่ถอดได้มีลำดับการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมตรงกับสายตระกูล B.1.351 ตามระบบ PANGO แสดงในภาพ 2

2. การถอดรหัสใช้วิธี MinION ของ Oxford Nanopore Technologies (ภาพ 3) โดยมาจากวิธี amplicon sequencing ของ ARTIC Network ผ่านการวิเคราะห์โดย workflow ของ COG-UK และระบบ QC ของกลุ่ม ด้วยทรัพยากร Supercomputer จาก ThaiSC TARA 

3. Genomic coverage ของสามตัวอย่างอยู่ที่ 85.01%, 90.11% และ 84.93%  ตามลำดับ ปกติวิธีที่ใช้จะได้ coverage ประมาณ 95-98% แต่ตัวอย่างน่าจะมีการเสื่อมสลายระหว่างขนส่ง เพราะวิธีการอื่นที่ใช้วิเคราะห์ตัวอย่างนี้ก็มีปัญหาคล้ายคลึงกัน อย่างไรก็ดีตำแหน่งที่ได้เพียงพอต่อการกำหนดสายตระกูล ทางทีมถอดรหัสจะใช้วิธีการ Illumina เพื่อเพิ่ม coverage ของตัวอย่างชุดนี้ต่อไป

4. ทางกลุ่มจะนำข้อมูล BKKCOVID721 ที่ได้เข้าสู่ระบบ GISAID และจะรวมเข้าไปใน Nextstrain build รอบถัดไป พร้อมทั้งติดตามต้นตอการระบาดด้วยวิธี Maximum-likelihood และ Bayesian analyses 

5. เชื้อสายตระกูล B.1.351 มีการกลายพันธุ์ในตำแหน่งที่คาดว่ามีผลกระทบต่อการตอบสนองของระบบภูมิคุ้มกันมนุษย์ต่อไวรัส และลดประสิทธิภาพการทำงานของวัคซีน แต่มิได้แปลว่าวัคซีนจะใช้ไม่ได้ เพียงแต่ต้องเพิ่มอัตราส่วนประชากรผู้ได้รับวัคซีนให้สูงขึ้นเพื่อเกิดการป้องกันระดับประชากร

ทางกลุ่ม CONI ประกอบด้วยนักวิทยาศาสตร์ที่สังกัดสถาบันในไทยและต่างประเทศ ทางกลุ่มทำการถอดรหัสโดยไม่เก็บค่าใช้จ่ายเพื่อช่วยหน่วยงานด้านการแพทย์และสาธารณสุขสืบสวนโรคและติดตามการระบาดในระดับประชากร
 

นาย ขจร จุลศักดิ์  (AFRIMS)

ผศ.ดร. ธนรรถ ชูขจร (มหาวิทยาลัยมหิดล)

 พญ.ดร. ธีรรัตน์ คชการ  (Molecular Infection Medicine Sweden)

 นางสาว น้ำฝน โคตะนันท์  (มหาวิทยาลัยมหิดล)

 นางสาว วิภาพร ทับทิมทอง (มหาวิทยาลัยมหิดล)

 ดร. อลิซาเบธ แบตตี้  (มหาวิทยาลัยมหิดล/Oxford University)

 ดร. เอกวัฒน์ ผสมทรัพย์  (มหาวิทยาลัยมหิดล)

ดร.อินทรีย์ เสนสอน  (ศูนย์จีโนมทางการแพทย์ รพ. รามาธิบดี มหาวิทยาลัยมหิดล)

ศ.ดร.วสันต์ จันทราทิตย์  (ศูนย์จีโนมทางการแพทย์ รพ. รามาธิบดี มหาวิทยาลัยมหิดล)