แม้ว่าไขมันทราน์จะกินได้ แต่มีการแสดงแล้วว่าไขมันทรานส์เพิ่มความเสี่ยงของโรคหัวใจขาดเลือด ส่วนหนึ่งไปเพิ่มไลโพโปรตีนความหนาแน่นต่ำ (LDL) ลดระดับไลโพโปรตีนความหนาแน่นสูง (HDL) เพิ่มไตรกลีเซอไรด์ในกระแสเลือดและเพิ่มการอักเสบทั่วร่างกาย ไขมันทรานส์ยังเกิดขึ้นตามธรรมชาติได้ แต่น้อย เช่น กรดแวกซีนิก (vaccenic acid) และกรดคอนจูเกตเต็ดไลโนเลอิก (conjugated linoleic acid) มีไขมันทรานส์ที่เกิดเองตามธรรมชาติในปริมาณหนึ่งในเนื้อสัตว์และผลิตภัณฑ์นมจากสัตว์เคี้ยวเอื้อง ไขมันธรรมชาติและไขมันสังเคราะห์มีความแตกต่างทางเคมี แต่ไม่มีความเห็นพ้องกันทางวิทยาศาสตร์ถึงความแตกต่างในผลกระทบต่อสุขภาพ การศึกษาสองชิ้นในประเทศแคนาดาได้แสดงว่ากรดแวกซีนิกซึ่งเป็นไขมันทรานส์ธรรมชาติ ที่พบในเนื้อวัวและผลิตถัณฑ์นม แท้จริงแล้วอาจเป็นประโยชน์เมื่อเทียบกับน้ำมันพืชที่ผ่านปฏิกิริยาไฮโดรจีเนชัน (hydrogenated vegetable shortening) หรือมันหมูและน้ำมันถั่วเหลือง โดยลดระดับคอเลสเตอรอลรวม LDL และไตรกลีเซอไรด์ ในทางตรงข้าม การศึกษาโดยกระทรวงการเกษตรสหรัฐอเมริกาแสดงว่า กรดแวกซีนิกมีผลเสียต่อ LDL และ HDL เหมือนกับไขมันทรานส์อุตสาหกรรม เมื่อขาดหลักฐานอันเป็นที่ยอมรับและการตกลงทางวิทยาศาสตร์ หน่วยงานโภชนาการจึงพิจารณาไขมันทรานส์ทั้งหมดว่ามีผลเสียต่อสุขภาพเท่ากัน และแนะนำให้ลดการบริโภคไขมันทรานส์ลงเหลือน้อยที่สุด
องค์การอาหารและยาสหรัฐอเมริกาออกข้อกำหนดเบื้องต้นว่าน้ำมันที่ผ่านปฏิกิริยาไฮโดรจีเนชันบางส่วน (ซึ่งมีไขมันทรานส์) โดยทั่วไปไม่ผ่านการรับรองว่าปลอดภัย ซึ่งคาดว่าจะนำไปสู่การห้ามไขมันทรานส์ที่ผลิตเป็นอุตสาหกรรมจากอาหารอเมริกา ในประเทศอื่น มีข้อจำกัดทางกฎหมายต่อปริมาณไขมันทรานส์ สามารถลดระดับไขมันทรานส์ได้ โดยการใช้ไขมันอิ่มตัว เช่น มันหมู น้ำมันปาล์ม หรือไขมันที่ผ่านปฏิกิริยาไฮโดรจีเนชันอย่างสมบูรณ์ ไขมันที่ผ่านปฏิกิริยาอินเทอร์เอสเทอริฟิเคชัน (interesterified fat) และสูตรทางเลือกซึ่งใช้ไขมันไม่อิ่มตัวแทนไขมันไม่อิ่มตัวหรือผ่านปฏิกิริยาไฮโดรจีเนชันบางส่วน ไขมันที่ผ่านปฏิกิริยาไฮโดรจีเนชันไม่ใช่ไวพจน์กับไขมันทรานส์ เพราะปฏิกิริยาไฮโดรจีเนชันที่สมบูรณ์จะขจัดไขมันไม่อิ่มตัวทั้งหมด คือ ทั้งซิสและทรานส์
ประโยชน์
เนื่องจากไขมันทรานส์คือไขมันที่เกิดจากการแปรรูป จึงสามารถเก็บรักษาไว้ได้นานโดยไม่เหม็นหืน ไม่เป็นไข และสามารถทนความร้อนได้สูง รวมถึงมีรสชาดที่ใกล้เคียงกับไขมันที่มาจากสัตว์ แต่จะมีราคาที่ถูกกว่า บรรดาผู้ประกอบกิจการอาหารต่าง ๆ มักนิยมนำไขมันทรานส์มาใช้ประกอบอาหารมากมาย เช่น กลุ่มอาหารฟาสต์ฟู้ดซึ่งใช้เป็นน้ำมันสำหรับทอดไก่ มันฝรั่ง โดนัท หรือการนำมาใช้ในการประกอบกิจการเบเกอรี่ ขนมขบเคี้ยว ครีมเทียม และวิปปิ้งครีม เป็นต้น
ผลต่อสุขภาพ
การบริโภคอาหารที่มีกรดไขมันทรานส์มาก ๆ จะเป็นส่งเสริมการทำงานของเอนไซม์ Cholesterol Acyltranferase ซึ่งเป็นเอนไซม์สำคัญในการเมตาบอลิซึมของคอเลสเตอรอล ทำให้ระดับ LDL (Low Density Lipoprotein) ซึ่งเป็นคอเลสเตอรอลชนิดเลวในเลือดเพิ่มขึ้น และลดระดับ HDL (High Density Lipoprotein) ซึ่งเป็นคอเลสเตอรอลชนิดดีในเลือด และเนื่องจากไขมันทรานส์เป็นไขมันที่เกิดจากการแปรรูป ซึ่งย่อยสลายได้ยากกว่าไขมันชนิดอื่น ทำให้ตับต้องสลายไขมันทรานส์ด้วยวิธีการที่แตกต่างไปจากการย่อยสลายไขมันตัวอื่น จึงอาจก่อให้เกิดสภาวะที่ผิดปกติกับร่างกาย คือ
1. น้ำหนักและไขมันส่วนเกินเพิ่มมากขึ้น
2. มีภาวะการทำงานของตับที่ผิดปกติ
3. มีความเสี่ยงสูงที่จะเป็นโรคเบาหวาน โรคความดันโลหิตสูง โรคหัวใจขาดเลือด โรคหลอดเลือดหัวใจตีบ (อังกฤษ: Coronary Heart Disease) โรคไขมันอุดตันในเส้นเลือด
ข้อมูลบนฉลากอาหาร
องค์การอาหารและยาของสหรัฐอเมริกาได้กำหนดให้อาหารทุกประเภทที่จัดจำหน่ายภายในประเทศ ต้องระบุปริมาณของกรดไขมันทรานส์ไว้บนฉลากโภชนาการของผลิตภัณฑ์ ซึ่งจะต้องมีปริมาณกรดไขมันทรานส์น้อยกว่า 0.5 กรัม ต่อหนึ่งหน่วยบริโภค ส่วนประเทศอื่น ๆ เช่น แคนาดา สหภาพยุโรป ออสเตรเลีย และนิวซีแลนด์ ก็มีการออกกฎให้ระบุปริมาณของกรดไขมันทรานส์ไว้บนฉลากโภชนาการเช่นกัน รวมถึงการให้คำแนะนำแก่ประชาชนในการจำกัดการบริโภคอาหารที่มีไขมันทรานส์เป็นส่วนประกอบด้วย ในประเทศไทยยังไม่มีกฎหมายบังคับให้มีการระบุข้อมูลปริมาณของไขมันทรานส์บนฉลากอาหาร
